Die Wurzeln von Blau-Weiß 90 Berlin gehen auf zwei früher Berliner Fußballmannschaften zurück, die 1927 zu Blau-Weiß fusionierten: Den BFC Vorwärts 1890 und den BTuFC Union 1892. Beide waren in der Frühzeit durchaus national erfolgreich. Union wurde 1905 mit einem 2:0 über den Karlsruher FV Deutscher Meister, Vorwärts stand 1921 zumindest im Finale um die deutsche Meisterschaft, das aber 0:5 gegen den 1.FC Nürnberg verloren wurde. Mit der Bündelung der Kräfte sollte einem sportlichen Abwärtstrend begegnet werden, was aber zunächst nicht gelang und schon bald spielte man auch zweitklassig. Meist war man jedoch dann in der Gauliga Berlin aktiv, zwei mal konnte man diese gewinnen und 1942 reichte es für Blau-Weiß sogar zum Halbfinale um die Deutsche Meisterschaft.

Nach dem Krieg wurde der Verein zunächst aufgelöst, die Spieler traten als SG Mariendorf an, ab 1949 durfte man wieder als Blau-Weiß 90 antreten, pendelte aber bereits dann jeweils zwischen 1. und 2.Liga in Berlin. Ab 1963 spielte man immerhin kontinuierlich in der in der Bundesrepublik zweitklassigen Regionalliga Berlin. 1973 wurde man Regionalligameister, in der Aufstiegsrunde zur Bundesliga war man dann aber chancenlos. Auf die Möglichkeit in die 2.Bundesliga 1974 nachzurücken verzichtete man dann und blieb drittklassig, ab 1978 sogar viertklassig, 1981 dann gar fünftklassig. 1983 stieg dann ein durchaus als windig zu bezeichnender Investor ein, der zunächst einen schnelle Aufstieg erreichte: 1984 war man schon wieder in der Oberliga Berlin und gewann diese sogar und schaffte in der anschließenden Aufstiegsrunde zur 2.Bundesliga sogar den Durchmarsch dorthin, 1985 wurde man Siebter in der 2.Bundesliga und damit erstmals wieder (vor der Hertha) bestes Team der Stadt. 1986 gelang dann sogar der Aufstieg in die 1.Bundesliga, wo man aber nur ein Jahr blieb, Torjäger in dieser Saison war übrigens der junge Karl-Heinz Riedle!

Es folgten einige sportlich konstante Jahre in der 2.Liga, in der aber Hertha die Vorherrschaft in der Stadt zurückeroberte und somit auch Sponsoreneinnahmen und Zuschauerzahlen bei Blau-Weiß wieder zurückgingen. In der Saison 1991/92 drohte der Abstieg in der damals vereinigungsbedingt zweigleisigen 2.Bundesliga. Noch bevor die Abstiegsrunde begann musste der Verein aber Konkurs anmelden.

1992 wurde dann der Nachfolgeverein Blau-Weiß 92 Berlin gegründet, der in der Kreisliga C in Berlin neu begann. 2015 wurde der Traditionsname Blau-Weiß 90 Berlin angenommen und man war wieder in der sechstklassigen Berlin-Liga angekommen, 2018 erreichte man die fünftklassige Oberliga Nordost.